Участник схемы хищения денежных средств компании ЮКОС в особо крупных размерах в составе группы «Трушин – Курцин». С января по июль 2004 года подыскивал, либо регистрировал в Туле подставные организации и общественные фонды, через которые похищались деньги компании. Предъявлены обвинения по ст. 160, 174 (ч.1)УК РФ. Роль Агафонова сводилась к тому, чтобы в завершающей стадии хищения, собрать легализованные деньги со всех счетов подставных организаций, получить их наличными «как возврат ссуды по договорам займа с физическими лицами» и передать члену организованной группы Юрию Маслову. 1 декабря 2005 года Лефортовский суд Москвы вынес в отношении Агафонова обвинительный вердикт.
