17 августа 2006 года Генеральная прокуратура возбудила уголовное дело в отношении Мизамора по статьям 160, 174 УК РФ (присвоение или растрата вверенного имущества и легализация доходов, приобретенных преступным путем). Мизамор обвиняется в хищении зарубежных активов ЮКОСа через специально созданный фонд.